Thiết lập trạm, chốt kiểm soát cấp xã, thị trấn: Giao UBND cấp xã quyết định thành lập các chốt cấp xã. Trong đó: Mỗi xã chỉ thiết lập 01 hoặc 02 chốt đi vào - 01 hoặc 02 chốt đi ra riêng biệt kiểm soát chặt 24/24 giờ. Đối với tất cả các đường phụ, lối mở, hẻm ra - vào xã đều phải “phong tỏa cứng”, không cho ra - vào kể cả người và phương tiện. Căn cứ diễn biến thực tế tình hình dịch bệnh của từng địa phương có thể thiết lập việc kiểm soát giữa các xóm, ấp, khu phố với các xóm, ấp, khu phố. Lực lượng tham gia kiểm soát bảo vệ tại các chốt giao thông:  Công an chịu trách nhiệm làm Tổ trưởng, Quân sự làm Tổ phó (Đối với các xã vùng xanh); ngược lại Quân sự chịu trách nhiệm làm Tổ trưởng, Công an làm Tổ phó (đối với các xã “vùng đỏ”). Các lực lượng tham gia: huy động đầy đủ các lực lượng y tế, các đoàn thể (thanh niên, phụ nữ, công đoàn, hội cựu chiến binh,..) tham gia làm nhiệm vụ tại các trạm, chốt để kiểm tra tất cả các trường hợp qua lại chốt và kiên quyết xử phạt nghiêm các trường hợp vi phạm Chỉ thị 16 (không nhắc nhở). Song song cấp huyện thiết lập các chốt kiểm soát của huyện.

Về điều kiện đảm bảo bên trong chốt kiểm soát: Mọi hoạt động, sinh hoạt, nhu cầu thiết yếu của người dân phải được đáp ứng, đảm bảo để người dân không di chuyển ra khỏi khu vực kiểm soát theo từng vùng hoặc nhóm nguy cơ, “ai ở đâu ở đó”, đảm bảo cách ly tuyệt đối.

Với quan điểm chỉ đạo là phải thực hiện nghiêm, thực chất, hiệu quả, chắc chắn, chặt chẽ hơn việc giãn cách theo nguyên tắc người cách ly với người; gia đình cách ly với gia đình; xóm, ấp, khu phố cách ly với xóm, ấp, khu phố; xã, phường, thị trấn cách ly với xã, phường, thị trấn; huyện, thị xã, thành phố cách ly với huyện, thị xã, thành phố; kiên quyết không để người dân rời khỏi nơi cư trú theo đúng phương châm “ai ở đâu ở đó” để thực hiện triệt để việc giãn cách xã hội, cách ly theo quy định.

Về nguyên tắc thiết lập chốt kiểm soát: phải đảm bảo gắn với tình hình, đặc điểm địa lý, điều kiện, cơ sở vật chất tại vị trí chốt chặn. Đặc biệt là tình hình mức độ dịch bệnh tại địa phương như: vùng có nguy cơ rất cao; vùng có nguy cơ cao, vùng nguy cơ thấp; đảm bảo triển khai thiết lập bảo vệ “vùng xanh”; các biện pháp, lộ trình cụ thể để chuyển “vùng vàng” thành “vùng xanh”, “vùng cam” thành “vùng vàng” và khoanh chặt, thu hẹp, triệt tiêu “vùng đỏ”.  Để đảm bảo việc kiểm soát chặt chẽ, hiệu quả, việc xác định chốt phải được phân chia thành những khu vực giới hạn nhất định trong phạm vi địa chính cấp xã, cấp huyện và được xác định bởi các tuyến đường giao thông có các phương tiện vận tải, công cộng lưu thông thường xuyên, lưu lượng đông.

Nhiệm vụ của Trạm, Chốt kiểm soát: kjiểm tra việc áp dụng biện pháp giãn cách xã hội theo Chỉ thị số 16/CT-TTg ngày 31/3/2020 của Thủ tướng Chính phủ ở mức độ cao nhất. Trong đó Kiểm soát chặt “vùng đỏ” theo nguyên tắc “khẩn trương khoanh vùng, thu hẹp, kiểm soát, bóc tách; sàng lọc nhanh; xử lý gọn”. Kiểm soát “vùng xanh” theo nguyên tắc “giữ chặt, kiểm soát nghiêm”, không để dịch bệnh xâm nhập. Cấm các trường hợp trong “vùng đỏ” đến các địa bàn “vùng xanh”. Trong trường hợp đặc biệt, thì phải có giấy xác nhận của địa phương “vùng xanh” cho phép.